Chi phí xây dựng dự kiến của công trình là 2,688 tỷ Nhân dân tệ[5]. Tuy vậy sau khi hoàn thành chi phí đã bị đội lên hơn 3,2 tỷ Nhân dân tệ, tính ra trung bình mỗi ghế ngồi của Nhà hát có giá nửa triệu Nhân dân tệ. Một trong các lý do khiến giá thành xây dựng bị tăng lên đáng kể là do sau khi nhà ga Terminal 2E của Sân bay quốc tế Charles-de-Gaulle, một công trình cũng do Paul Andreu thiết kế, bất ngờ sụp đổ năm 2004, người ta đã phải dừng việc xây dựng Nhà hát lớn quốc gia để thẩm định lại chất lượng của công trình.